Laboratorium Inovasi yang terbentuk sejak tahun 2017 hingga saat ini merupakan kegiatan pendampingan bagi Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD) dan Perusahaan Daerah (Perusda) lingkup Kota Makassar dalam kerangka memberikan pemahaman terhadap ide atau gagasan yang akan dieksplorasi dalam melahirkan inovasi. Inovasi tersebut menjadi salah satu solusi terhadap kendala yang dihadapi dalam penyelenggaraan pemerintahan terutama pada pemberian pelayanan publik. Kegiatan AdvokasiLaboratorium Inovasi dimaksudkan agar penyelenggaraan menjadi lebih efektif sebagai pertanggungjawaban dari pelaksanaan kegiatan serta bahan monitoring dan evaluasi di masa mendatang.
Laboratorium Inovasi Daerah adalah satu program pendampingan yang dibangun untuk menumbuhkembangkan inovasi dari dalam birokrasi pemerintah daerah melalui proses konsultasi hingga bimbingan teknis dalam serangkaian proses memunculkan inovasi SKPD. Melalui Kegiatan Advokasi Laboratorium Inovasi Daerah Kota Makassar mendorong  pemerintah daerah untuk menghasilkan ide dan karya inovasi dalam penyelenggaraan pemerintahan. Adapun sasaran dari kegiatan advokasi laboratorium Inovasi adalah tumbuhnya kapasitas berinovasi yang ditandai dengan terwujudnya ide dan karya inovasi secara nyata, bermanfaat dan berkelanjutan dalam penyelenggaraan pemerintah daerah. Fungsi Laboratorium Inovasi Kota Makassar adalah sebagai : Lokasi/tempat diskusi; Coaching Clinic; Analisis dan Pengembangan Inovasi; Formulasi lahirnya calon inovasi baru; serta membangun strategi peningkatan kualitas inovasi.
Laboratorium Inovasi Daerah Kota Makassar mereplikasi Laboratorium Inovasi Lembaga Administrasi Negara secara konsep dengan melakukan serangkaian proses/tahapan yang dikenal dengan nama 5 D inovasi, dimana setiap proses/tahapan memiliki tujuan dan metode tersendiri yang saling bersinergi untuk menghasilkan inovasi SKPD. 5 D Laboratorium Inovasi merupakan akronim dari Drum up, Diagnose, Design, Delivery dan Display. Melalui 5 (lima) langkah ini, Pemerintah Kota Makassar memunculkan berbagai inovasi terkait dengan penyelenggaraan pemerintahan dengan pelibatan penta helix yaitu Pemerintah, Akademis, Bisnis, Media, dan Komunitas sehingga mampu meningkatkan kualitas dan kapasitasnya dalam upaya memenuhi tuntutan lingkungan strategis.